Josef Čech byl zatčen asi týden po útěku Jiřího Křivánka, kterému pomáhal na svobodu z jáchymovských dolů. Byl převezen do vyšetřovací vazby do bývalého kláštera v Mariánské, kde byl pod psychickým i fyzickým nátlakem intenzivně vyslýchán. „Dostal jsem se na celu, která byla o něco větší než jednolůžková postel, to bylo morbidní. Na podlaze bylo po kotníky vody a na stropě svítila blikačka. Nebylo tam nic než v rohu kbelík jako záchod. Vyšetřovalo se i dvanáct hodin denně. Měli nás tam šest a každý jim něco řekl. Na poradách se vyšetřovatelé informovali mezi sebou. Já se potom divil, co všechno věděli. Při výslechu jsem měl svářečské brýle nebo mně svítili ostrým světlem do tváře. Jednou vyšetřovatel otevřel skříňku, ve které měl důtky a zeptal se mě, jakou chci. Já jsem si nevybral žádnou, tak jsem dostal pár facek,“ vzpomíná na praktiky vyšetřovatele Josef Čech.
Dále následovala soudní vazba, kde zůstal až do soudního procesu. Před jeho začátkem byl Čech převezen do věznice na Pankráci, kde se poprvé setkal se svým obhájcem ex offo, který mu oznámil: „Váš trestný čin je velice závažný a trest může být absolutní. Řekněte všechno.“ V domnění, že mu hrozí trest smrti, pak žil asi měsíc. Soud proběhl 1. června 1951. Šest odsouzených dostalo dohromady 110 let, Josef Čech patnáct. Po pobytu ve věznici na Borech a v pracovním komandu v železárnách Bílá Cerekev byl umístěn do vězeňského tábora Rovnost na Jáchymovsku.